Помнится в теме про стук при переключении передач на МКПП была такая мысль, что это из-за гидро-сцепления, а именно из-за клапана, который отпускает педаль за нас плавно.
Никто не пробовал этот клапан убрать? Вот нарыл тут случайно в тему:
http://www.drive2.ru/l/3663297/